孵化器向入孵企业提供活动和经营的场地，物业租金收入是目前我国很多创业孵化器的主要收入来源，是通过为在孵企业提供场地服务而获得的。从房屋出租的角度来看，孵化器经常面临着普通物业企业的竟争。
为了吸引更多的企业入驻，一般来说，创业孵化器通常降低房屋出租价格，出租的价格与周边的价格持平或是略低。优惠程度依地区情况有所差异，如果孵化器仅依靠租金收入这样的单一资金来源，将无法向在孵企业提供市场、人才和融资方面的专业服务，这样的孵化器难以成长发展。
孵化器可以通过为在孵企业提供物业服务、行政服务（如打字、复印等）、各种代办手续、管理咨询服务（法律、市场、财务等）、培训、各种中介等获得收入。
集中式商务服务（如会议室、打字、复印、电话、网络等）是每个企业正常经营所必须的，创业孵化器通过提供共享的商务服务，可以充分实现规模效益，帮助入孵企业节约固定资产投入和人员雇用成本。商务代理包括企业注册代理、税务登记、财务代理、资产评估、年度审计、法律咨询、新技术企业资格认证、鉴定和基金申报等。
管理咨询服务则是为了帮助入孵企业提高管理水平，向其提供制订商业计划或战略、建立管理制度、市场分析、招聘、培训等管理服务。孵化器的专业咨询服务团队参与创业企业运营时要收取一定的费用，这要求孵化器内部要有一支高水平的专业咨询服务团队。
从孵化器的实践来看，孵化器发展初期的服务类收入主要是物业和各种代办手续、行政服务，管理咨询等专业性服务获取的收入较少。随着孵化器产业的快速发展，孵化器对内部管理团队的素质要求有所提高，对孵化企业提供的管理咨询服务在增多，相应的收入也在增加。
创业孵化器经营的产品是科技企业，通过发展科技型企业，有助于改变当地的产业结构，增加当地的就业，建立新的创新体系等。这正是发展区域经济所需要的。所以地方会给孵化器的建设提供政策支持或是各种形式补贴的资金支持。
补贴的途径主要有两种：一种是可以对孵化器的运营成本进行补贴，如针对孵化器推出的各类公共服务补贴、服务设施补助或技术平台补贴等。另一种是通过政策优惠给予孵化器补贴，如对孵化器出租场地免征房产税，对提供孵化服务的收入免营业税等。
新创企业一般都会有资金方面的需求，而且对各种融资渠道了解较少，需要企业孵化器给予投融资方面的服务。创业孵化器向企业进行投资的资金来源一般是的扶持基金和孵化器正常运作的积累资金。随着风险投资产业的发展，孵化器与风险投资的结合将成为这一行业未来的发展趋势。孵化器对新创企业极为了解，通过提供有针对性的孵化服务，能够有效地降低投资的风险，风险投资为入孵企业提供了发展所必需的资金，有力地支持了新企业的发展，提高了创业成功率的同时也为创业孵化器找到了新的收入来源。目前很多新型的营利性孵化器，已将其收入的主要来源定位于投资收益。虽然通过对在孵企业投资来获得收入，周期较长，风险较大，但如果投资成功，收益很可观。
风险投资这种方式将孵化器的利益与在孵企业的利益紧密地联系在了一起，随着中国资本市场的发展，风险投资和孵化器的结合将是值得探索的商业模式，其共同创造的效益会大于两者运行时产生的经济效益。可以预见到，未来会有越来越多的孵化器参与风险投资，投资收益将成为孵化器重要的收入来源。属虎的属相婚配表